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Bestimmung der Endophyten im Blutungssaft der Rebe mittels Next Generation Sequencing Cover

Bestimmung der Endophyten im Blutungssaft der Rebe mittels Next Generation Sequencing

Open Access
|Mar 2023

Figures & Tables

Abbildung 1

Verwendete 0,5-l-PET-Flasche für die Gewinnung des Blutungssaftes.Figure 1. 0.5 l PET bottle used for obtaining the bleeding sap.
Verwendete 0,5-l-PET-Flasche für die Gewinnung des Blutungssaftes.Figure 1. 0.5 l PET bottle used for obtaining the bleeding sap.

Abbildung 2

Grafische Darstellung der Gattungen in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = nicht näher bestimmbar).Figure 2. Graphic representation of genera in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = not in detail determinable).
Grafische Darstellung der Gattungen in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = nicht näher bestimmbar).Figure 2. Graphic representation of genera in OTUs (Operational Taxonomic Units). (n. b. = not in detail determinable).

Abbildung 3

Die logarithmische Darstellung der Beziehung zwischen der Gattung Pseudomonas (a, b) und Aureobasidium (c) zeigt, dass signifikante Unterschiede (a, b) bei den OTUs von der Gattung Pseudomonas beim Vorhandensein von Areobasidium pullulans (c) auftreten.Figure 3. Logarithmic plot of the relationship between the genus Pseudomonas (a, b) and Aureobasidium (c) shows that significant differences (a, b) in the OTUs from the genus Pseudomonas occur in the presence of Areobasidium pullulans (c).
Die logarithmische Darstellung der Beziehung zwischen der Gattung Pseudomonas (a, b) und Aureobasidium (c) zeigt, dass signifikante Unterschiede (a, b) bei den OTUs von der Gattung Pseudomonas beim Vorhandensein von Areobasidium pullulans (c) auftreten.Figure 3. Logarithmic plot of the relationship between the genus Pseudomonas (a, b) and Aureobasidium (c) shows that significant differences (a, b) in the OTUs from the genus Pseudomonas occur in the presence of Areobasidium pullulans (c).

Metrische Darstellung der OTU (Operational Taxonomic Units) Ergebnisse in Gattungen dargestellt (n_ b_ = nicht bestimmbar)Table 3_ Metric representation of the OTU (Operational Taxonomic Units) results presented in genera (n_ b_ = not determinable)

Rebstöcke12345678910111213141516Betroffene RebstöckeProzent
Bakterien (n. b.)055666776638001380000002313744
Jatrophihabitans0110000000000000016
Curtobacterium0000078000000000016
Bacillus962507370640001800003764338850
Paenibacillus00520398000444009601995870638
Enterococcus000000000000000111116
Weissella00000000000000057216
Alphaproteobacteria (n. b.)0410010500000000000213
Rhizobiales**0760000000000000016
Beijerinckia0820000000000000016
Bradyrhizobium01260018400000000000213
Hyphomicrobium068004100000000000213
Mesorhizobium0460000000000000016
Sphingomonas0076680213000000024822626025638
Ideonella014931603135484000125000065111464850
Methylibium2469600000000000000213
Hydrogenophaga42200000000000000016
Oxalobacteraceae (n. b.)100300000000000012018854425
Duganella9860000000604000076110320425
Janthinobacterium00330000000000991260319
Massilia36224416873863602130021881265426316877014550196685061488
Zoogloea10172351041170000821619500273396441063
Gammaproteobacteria (n. b.)000000000058824400000213
Enterobacterales (n. b.)00000000000000040916
Pantoea000000000000000696316
Acinetobacter0000220000000000016
Pseudomonas107751601286111718191627518680194071640319727173761339817797745210855137916100
Aureobasidium01910024600000000000213

Darstellung der NGS-LeseprozessesTable 2_ Representation of the NGS reading process

ParameterOTUsProzent
Gesamtzahl der Eingabesequenzen1.471.487100,0 %
Verbleibende Sequenzen nach Vorverarbeitung und Qualitätsfilterung1.471.454100,0 %
Verbleibende Sequenzen nach Chimärenerkennung und -filterung1.469.41799,9 %
Gesamtzahl der OTUs zugewiesenen Sequenzen1.236.74284,0 %
Gesamtzahl der den Taxa zugeordneten Sequenzen1.236.22784,0 %
Kopienzahl korrigierte Gesamtzahl339.349
Gesamtzahl der OTUs1.216100,0 %
Anzahl der OTUs, die der Taxonomie zugeordnet sind1.21599,9 %

Mineralstoffdarstellung in Form von Mittelwerten und Standardabweichungen, erstellt mittels Photometrie und Amtomabsorption; n_ n_ nicht nachweisbarTable 1_ Representation of the mean values and standard deviations of the minerals using photometry and amtomabsorption; n_ n_ undetectable

Kalium mg/lNatrium mg/lMagnesium mg/lCalcium mg/lAsche mg/lKupfer mg/lEisen mg/lZink mg/lMangan mg/lGesamt-Phosphat (als P2O5) mg/l
Blutungssaft110 ± 80n.n.7,5 ± 677,25 ± 6,8466,8 ± 77< 0.13n.n.n.n.0,38 ± 0,1748,43 ± 30,98
DOI: https://doi.org/10.2478/boku-2022-0009 | Journal eISSN: 2719-5430 | Journal ISSN: 0006-5471
Language: English
Page range: 123 - 133
Submitted on: Aug 12, 2022
Accepted on: Oct 9, 2022
Published on: Mar 9, 2023
Published by: Universität für Bodenkultur Wien
In partnership with: Paradigm Publishing Services
Publication frequency: 4 issues per year

© 2023 Karin Mandl, Jasmina Suljic, Christian Bader, Ingrid Hofstetter, Florian Faber, published by Universität für Bodenkultur Wien
This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.