Tabela I
Bakterie, archeony, wirusy i grzyby, reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w jamie ustnej
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Firmicutes (obecnie Bacillota), Fusobacteria, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidota, Chlamydiae, Chloroflexi, Spirochaetes, Synergistetes, Saccharibacteria, Gracilibacteria. Rodzina: Staphylococcaceae, Propionibacteriaceae, Burkholderiaceae, Neisseriaceae, Fusobacteriaceae. Gatunek: Streptococcus (S) sanguinis, S. mutans, S. oralis, Veillonella sp., Granulicatella sp., Gamella sp., Actinomyces sp., Corynebacterium sp., Fusobacterium sp., Porphyromonas sp., Prevotella sp., Capnocytophaga sp., Haemophilus sp., Treponema sp., Lactobacterium sp., Eikenella sp., Leptotrichia sp., Peptostreptococcus sp., Staphylococcus sp., Eubacteria sp., Pseudoramibacter sp., Propionibacterium sp., Moraxella sp., Campylobacter sp., Desulfobacter sp., Desulfovibrio sp., Fusobacterium sp., Selemonas sp., Simonsiella sp., Wolinella sp., Neisseria perflava, Rothia mucilaginosa. | [14, 23, 38, 46, 53, 72, 84, 86, 92, 117] |
| Archeony | Rząd: Thermoplasmatales. Gatunek: Methanobrevibacter (Mbb.) sp., w tym: Mbb. oralis, Mbb. smithii, Methanobacterium sp., Methanosarcina sp., Methanosphaera sp., Candidatus Nitrososphaera evargladensis, Methanomassilicoccus luminyensis. | [8, 26, 49, 118] |
| Wirusy | Rząd: Caudovirales. Rodzina: Herpesviridae, Papillomaviridae, Anelloviridae, Siphoviridae, Myoviridae. Gatunek: bakteriofagi dla bakterii z rodzaju Streptococcus, Veillonella, Escherichia, Bulkholderia, Salmonella, Megasphaer, Roseolovirus oraz wirusy: Human cytomegalovirus, Herpes simplex virus, Coxsackievirus A5, Enterovirus A, wirus Epstein-Barr. | [45, 47, 74, 88, 92, 118] |
| Grzyby | Rząd: Saccharomycetales. Rodzaj: Candida, Cladosporium, Aureobasidium, Aspergillus, Fusarium, Cryptococcus, Alternaria, Malassezia. Gatunek: Candida albicans. | [1, 6, 14, 23, 45, 80, 118] |
Tabela II
Bakterie, wirusy i grzyby reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w gardle
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Bacteroidota, Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria i Fusobacteria. Rodzaj: Staphylococcus. Prevotella, Capnocytophaga, Campylobacter, Veillonella, Streptococcus, Neisseria oraz Haemophilus. Gatunek: Streptococcus viridans, Branhamella catarrhalis, Neisseria sp., Haemophilus sp. | [35, 38, 72] |
| Archeony | Brak danych. | |
| Wirusy | Gatunek: Koronawirusy, adenowirusy, pikornawirusy, wirus RSV, wirus grypy A, bakteriofagi. | [31] |
| Grzyby | Rodzaj: Candida. | [34] |
Tabela III
Bakterie, archeony, grzyby i wirusy reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w przełyku
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Firmicutes, Bacteroidota, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria. Rodzaj: Streptococcus, Veillonella, Prevotella, Haemophilus, Neisseria, Granulicatella i Fusobacterium. Gatunek: Streptococcus viridans, Streptococcus faecalis, Haemophilus influenzae, Neisseria catarrhalis, Klebsiella pneumonia. | [27, 45, 69, 77, 89] |
| Archeony | Rodzaj: Halobacteria, Methanosarcina. | [27] |
| Wirusy | Rodzina: Herpesviridae (Betaherpesvirus, Gammaherpesvirus), Papillomaviridae, Gammapapillomavirus). Gatunek: bakteriofagi rodzaju Streptococcus, Campylobacter, Lactococcus i γ-Proteobacterii. | [27] |
| Grzyby | Gatunek: Candida (C.) albicans, C. glabrata, Saccharomyces cerevisiae. | [27] |
Tabela IV
Bakterie, archeony i grzyby reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w żołądku
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Firmicutes, Bacteroidota, Proteobacteria, Actinobacteria, Fusobacteria. Rodzina: Enterobacteriaceae. Rodzaj: Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus, Bacteroides, Veillonella, Corynebacterium, Clostridium, Neisseria, Stomatococcus, Prevotella, Rothia, Haemophilus, Atopobium, Porphyromonas, Gamella, Helicobacter, Propionibacterium, Fusobacterium, Achromobacter, Rhodococcus, Micrococcus, Bacillus, Actinobacillus. Gatunek: Helicobacter pylori, Campylobacter pyloridis, Fusobacterium nucleatum, Lactobacillus (L.) lactis, L. brevis, L. johnsonii. | [17, 45, 71, 84, 87, 94, 119, 120] |
| Archeony | Gatunek: Methanobrevibacter smithii. | [43] |
| Wirusy | Brak danych. | |
| Grzyby | Gromada: Ascomycota, Basidiomycota, Klasa: Saccharomycetes, Dothideomycetes, Eurotiomycetes, Agaricomycetes, Tremellomycetes. Rodzina: Aspergillaceae, Chaetomiaceale, Pleosporaceae, Trimorphomycetaceae. Rodzaj: Candida, Phialemonium, Alternaria, Thermomyces, Saitozyma. Gatunek: Candida albicans, Aspergillus montevidensis, Penicillium arenicola. | [45, 119, 120] |
Tabela V
Bakterie, wirusy i grzyby reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w jelicie cienkim
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Firmicutes, Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacterioidota, Actinobacteria. Rodzina: Enterobacteriaceae, Lactobacillaceae. Rodzaj: Fusobacterium, Enterococcus, Klebsiella, Bacteroides, Ruminococcus, Streptococcus, Lactobacillus, Staphylococcus, Bifidobacterium, Veillonella, Porphyromonas, Prevotella, Clostridium, Corynebacterium, Providencia, Pseudomonas, Actinomyces, Atopobium, Gemella, Granulicatella, Haemophilus, Leptotrichia, Megasphaera, Neisseria, Porphyromonas, Paraprevotellaceae, Escherichia, Rothia, Citrobacter, Lachnoclostridium, Actinobacillus, Parascardovia, Oribacterium, Granulicatella, Campylobacter, Ralstonia. Gatunek: Escherichia coli, Neisseria cinerea, Prevotella (P.) melaninogenica, P. jejuni, P. veroralis, P. aurantiaca, Haemophilus parahaemolyticus, Porphyromonas pasteri, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium nucleatum, Moglibacterium neglectum, Alloprevotella tannerae, Filifactor alocis, Morococcus cerebrosus, Veillonella montpellierensis, Streptobacillus hongkongensis, Clostridium leptum. | [11, 17, 21, 45, 57, 64, 75, 94, 99, 101, 105, 106, 107] |
| Archeony | Brak danych. | |
| Wirusy | Rodzaj: Rotavirus, Calicivirus, Coronavirus, Adenovirus. | [9] |
| Grzyby | Rodzaj: Candida, Saccharomyces. | [45] |
Tabela VI
Bakterie, archeony, wirusy i grzyby reprezentujące różne grupy systematyczne występujące w jelicie grubym
| Populacje mikroorganizmów | Piśmiennictwo | |
|---|---|---|
| Bakterie | Gromada: Bacteroidota, Fiumicutes, Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia. Rodzina: Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae. Rodzaj: Bacteroides, Enterococcus, Eubacterium, Clostridium, Peptostreptococcus, Streptococcus, Bifidobacterium, Fusobacterium, Lactobacillus, Prevotella, Ruminococcus, Akkermansia, Roseburia, Butyrivibrio, Lachnospira, Faecalibacterium. | [1, 17, 45, 46, 91, 94, 103] |
| Archeony | Gromada: Crenarchaeota, Traumarcheota. Gatunek: Methanobrevibacter (M.) smithii. M. stadtmanae, M. luminyensis, Halorubrum (H.) koreense, H. alimentarium, H. saccharovorum, Halococcus morrhuae, Halopherax massiliense, Methanomassiliicoccales sp., Nitrosphaera sp., Sulfobolus sp. | [26, 76, 94, 113] |
| Wirusy | Rząd: Caudovirales. Rodzina: Podoviridae, Picornaviridae, Picobirnaviridae, Astroviridae, Reoviridae, Caliciviridae, Adenoviridae, Anelloviridae, Cycloviridae, Parvoviridae, Retroviridae, Pneumoviridae, Herpesviridae, Hepadnaviridae i Microviridae. Rodzaj: Enterovirus, Rotavirus, Norovirus, Papillomavirus, Polyomavirus, Mimivirus, Marseillevirus. Gatunek: bakteriofagi bakterii rodzaju Bacteroides, Firmicutes i Actinobacteria. | [17, 19, 45, 76, 85, 108, 115] |
| Grzyby | Gromada: Ascomycota, Basidiomycota, Mucoromycota. Rodzina: Cystofilobasidiaceae. Rodzaj: Saccharomyces, Malassezia, Candida, Penicillium, Cladosporium, Galactomyces, Cryptococcus, Aspergillus, Pichia, Mucor, Eurotium, Rhodotorula, Trichosporon. Gatunek: Beauveria bassiana, Lichtheimia ramosa, Clavispora lusitaniae, Galactomyces geotrichum, Isaria farinosa, Pleurostomophora richardsiae, Rhodosporidium kratochvilovae, Torulaspora delbrueckii, Yarrowia lipolytica, Aspergillus clavatus, Alternalia brassicola, Saccharomyces cerevisiae, Geotrichum sp., Cystofilobasidium sp. | [16, 17, 45, 52, 76, 80, 109] |