Modelowe badania mikrobiomu świń według koncepcji wspólnego zdrowia „One Health” ludzi i zwierząt

Mikrobiom człowieka pod względem liczebności bakterii przewyższa liczbę komórek ludzkiego organizmu. Określany jest jako dodatkowy, „zapomniany narząd” i odgrywa podstawową rolę w utrzymaniu wysokiego statusu zdrowotnego, co jest uwarunkowane zachowaniem pożądanych proporcji i naturalnych relacji między bakteriami a komórkami organizmu gospodarza. Nowe metody diagnostyczne umożliwiają profilowanie nie tylko mikrobiomu człowieka, ale i zwierząt gospodarskich. Coraz szersze zastosowanie w badaniach mikrobiomu ma innowacyjna metoda analityczna, jaką jest sekwencjonowanie nowej generacji NGS (next generation sequencig). Wiele bakterii określa się jako „niehodowalne” lub „niemożliwe do wyhodowania”, metagenomika odegrała istotną rolę w poznaniu tych bakterii, a także przyczyniła się do opracowania nowych pożywek, umożliwiających ich hodowlę. Głównym zastosowaniem NGS w mikrobiologii jest zastąpienie konwencjonalnej charakterystyki patogenów, opartej o ocenę morfologii, właściwości barwienia i cech metabolicznych, ich opisem związanym z genomem. Istnieje kilka platform, tj. „narzędzi diagnostycznych” wykorzystujących zróżnicowane technologie sekwencjonowania DNA m.in. Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM), Pacific Biosciences (PacBio) oraz Illumina MiSeq. Badania mikrobiomu trzody chlewnej z wykorzystaniem nowoczesnych technologii sekwencjonowania wydają się więc szczególnie istotne w związku ze zbliżającymi się nieuchronnie zmianami w postępowaniu profilaktycznym i terapeutycznym u zwierząt. Analizy tego typu umożliwiają wnikliwą ocenę wpływu określonych czynników na populacje drobnoustrojów jelitowych oraz poznanie, jak „kształtować” skład mikrobiomu w celu poprawy jakości chowu i utrzymania prawidłowego statusu zdrowotnego świń, wpisując się w koncepcję wspólnego zdrowia ludzi i zwierząt.