| IBS (zespół jelita drażliwego) | Proteobacteria, Firmicutes | Lactobacillus spp., Actinobacteria, Bacteroidetes |
| Nieswoiste zapalenia jelit:choroba Leśniowskiego-CrohnaWrzodziejące zapalenie jelita grubego | Proteobacteria | Lachnospiraceae, Bacteroidetes, Roseburia spp.,Faecalibacterium spp., Dialister spp. |
| Celiakia | Bacteroides spp., Escherichia coli | Bifidobacterium spp., Clostridium spp.,Faecalibacterium spp., Lactobacillus spp. |
| Nowotwór jelita grubego | Proteobacteria, Dorea spp.,Faecalibacterium spp., Bacteroides spp.,Enterococcus spp., Escherichia/Shigella,Klebsiella spp., Streptococcus spp.,Peptostreptococcus spp. | Bacteroidetes, Coprococcus spp., Roseburia spp.,Lachnospiraceae |
| Otyłość | Ruminococcaceae, Rikenellaceae,Desulfovibrionaceae | Verrucomicrobia (Akkermansia muciniphila) |
| Cukrzyca typu II | Desulfovibrionaceae, Prevotella spp.,Clostridium spp., Bacteroides caccae,Desulfovibrionaceae | Roseburia spp., Firmicutes, Bacteroidetes |
| Choroba Alzheimera i Parkinsona | Escherichia/Shigella, Bacteroidetes,Lactobacillaceae | Eubacterium rectale, Firmicutes,Bifidobacterium spp. |
| Encefalopatia jelitowa | Enterobacteriaceae, Alcaligenaceae,Fusobacteriaceae, Veillonellaceae | Ruminococcaceae, Lachnospiraceae |
| Zaburzenia ze spektrum autyzmu | Lactobacillus spp., Clostridium spp.,Bacteroidetes, Desulfovibrio spp.,Caloramator spp., Sarcina spp.,Sutterella spp. | Bifidobacterium spp., Firmicutes,Akkermansia muciniphila |
| Stres i depresja | Clostridium spp., Enterobacteriaceae,Escherichia coli, Pseudomonas spp. | Bacteroides spp., Lactobacillus spp. |
