Fig. 1.
Fig. 2.
Fig. 3.
Fig. 4.
Primers used in this study
| Primers | Sequences (5’ to 3’) | Target gene | Amplicon size | Reference |
|---|---|---|---|---|
| TEM-F | ATA AAA TTC TTG AAG ACG AAA | TEM | 1.086 bp | (2, 19) |
| TEM-R | GAC AGT TAC CAA TGC TTA ATC | |||
| CTX-F | CGC TTT GCG ATG TGC AG | CTX | 550 bp | (2, 19) |
| CTX-R | ACC GCG ATA TCG TTG GT |
Characteristics of multidrug-resistant (MDR) and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)–producing E_ coli strains isolated from milk samples collected from dairy cattle in Tulungagung, Indonesia
| Sample code | E. coli positivity | Resistance | MDR | ESBL-positivity | Identified gene | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TE | ST | C | W | ATM | blaTEM | blaCTX-M | |||||
| Farm 1 | TS1 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS2 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS3 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 2 | TS4 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS5 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS6 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 3 | TS7 | + | + | + | + | − | − | + | − | + | − |
| TS8 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 4 | TS9 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 5 | TS10 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS11 | + | + | + | − | + | + | + | + | − | + | |
| Farm 6 | TS12 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS14 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS15 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS16 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 7 | TS17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS18 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS19 | + | − | + | − | − | + | − | − | − | − | |
| TS20 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 8 | TS21 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS22 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS23 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 9 | TS24 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS25 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 10 | TS26 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 11 | TS27 | + | + | + | + | − | − | + | − | + | − |
| TS28 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 12 | TS29 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS30 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 13 | TS31 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS32 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 14 | TS33 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS34 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS35 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 15 | TS36 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS37 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS38 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 16 | TS39 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS40 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS41 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 17 | TS42 | + | + | + | − | + | − | + | − | + | − |
| TS43 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS44 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS45 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS46 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 18 | TS47 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 19 | TS48 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS49 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 20 | TS50 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS51 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 21 | TS52 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS53 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS54 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS55 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS56 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS57 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 22 | TS58 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS59 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS60 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 23 | TS61 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 24 | TS62 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS63 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 25 | TS64 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS65 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS66 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS67 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 26 | TS68 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS69 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 27 | TS70 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS71 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS72 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 28 | TS73 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 29 | TS74 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS75 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 30 | TS76 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 31 | TS77 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS78 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 32 | TS79 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS80 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS81 | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS82 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 33 | TS83 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS84 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 34 | TS85 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS86 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 35 | TS87 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS88 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 36 | TS89 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS90 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 37 | TS91 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS92 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 38 | TS93 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS94 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS95 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 39 | TS96 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS97 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS98 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 40 | TS99 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 41 | TS100 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Farm 42 | TS101 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS102 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 43 | TS103 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS104 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 44 | TS105 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS106 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS107 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Farm 45 | TS108 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TS109 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| TS110 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| Total | 101 | 7 | 7 | 2 | 2 | 2 | 4 | 1 | 3 | 1 | |
| Percentage | 6.93 | 6.93 | 1.98 | 1.98 | 1.98 | 3.96 | 0.99 | 2.97 | 0.99 | ||