Have a personal or library account? Click to login

Processing optimization with parallel computing for the J-PET scanner

Nukleonika
Volume 60 (2015): Issue 4 (December 2015)
By:
Open Access
|Dec 2015

References

  1. 1. Moskal, P. (2010). Patent applications: PCT/PL2010/00062, PCT/PL2010/00061.
    Search in Google Scholar
  2. 2. Moskal, P., Salabura, P., Silarski, M., Smyrski, J., Zdebik, J., & Zieliński, M. (2011). Novel detector systems for the Positron Emission Tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 7, 73–78. [arXiv:1305.5187].
    Search in Google Scholar
  3. 3. Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Bednarski, T., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kubicz, E., Moskal, I., Pawlik-Niedźwiecka, M., Sharma, N. G., Silarski, M., Zieliński, M., Zoń, N., Białas, P., Gajos, A., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., & Wiślicki, W. (2014). Test of a single module of the J-PET scanner based on plastic scintillators. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 764, 317–321. DOI: 10.1016/j.nima.2014.07.052. [arXiv:1407.7395].10.1016/j.nima.2014.07.052
    Search in Google Scholar
  4. 4. Moskal, P., Zoń, N., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., & Zieliński, M. (2015). A novel method for the line-of-response and time-of-flight reconstruction in TOF-PET detectors based on a library of synchronized model signals. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 775, 54–62. DOI: 10.1016/j.nima.2014.12.005. [arXiv:1412.6963].10.1016/j.nima.2014.12.005
    Search in Google Scholar
  5. 5. Raczynski, L., Moskal, P., Kowalski, P., Wiślicki, W., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Gajos, A., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Compressive sensing of signals generated in plastic scintillators in a novel J-PET instrument. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 786, 105–112. DOI: 10.1016/j.nima.2015.03.032. [arXiv:1503.05188].10.1016/j.nima.2015.03.032
    Search in Google Scholar
  6. 6. Wieczorek, A., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Danel, A., Gajos, A., Gruntowski, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Molenda, M., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Uchacz, T., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). A pilot study of the novel J-PET plastic scintillator with 2-(4-styrylphenyl)benzoxazole as a wavelength shifter. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1487–1490. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1487. [arXiv:1502.02901].10.12693/APhysPolA.127.1487
    Search in Google Scholar
  7. 7. Moskal, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Bednarski, T., Białas, P., Bulka, J., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Wochlik, I., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Hit time and hit position reconstruction in the J-PET detector based on a library of averaged model signals. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1495–1499. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.149. [arXiv:1502.07886].
    Search in Google Scholar
  8. 8. Kowalski, P., Moskal, P., Wiślicki, W., Raczyński, L., Bednarski, T., Białas, P., Bułka, J., Czerwiński, E., Gajos, A., Gruntowski, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wochlik, I., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). Multiple scattering and accidental coincidences in the J-PET detector simulated using GATE package. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1505–1512. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1505. [arXiv:1502.04532].10.12693/APhysPolA.127.1505
    Search in Google Scholar
  9. 9. Kamińska, D., Gajos, A., Czerwiński, E., Bednarski, T., Białas, P., Gorgol, M., Jasińska, B., Kapłon, Ł., Korcyl, G., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., Zgardzińska, B., & Moskal, P. (2015). Searches for discrete symmetries violation in ortho-positronium decay, Nukleonika, 60(4), 729–732.10.1515/nuka-2015-0131
    Search in Google Scholar
  10. 10. Korcyl, G., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń. N. (2014). Trigger-less and reconfigurable data acquisition system for positron emission tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(1), 37–40.10.1515/bams-2013-0115
    Search in Google Scholar
  11. 11. MPI A Message-Passing Internet Standard, from http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-3.0/mpi30-report.pdf.
    Search in Google Scholar
  12. 12. OpenMP Open MultiProcessing, from http://openmp.org/wp/.
    Search in Google Scholar
  13. 13. Nickolls, J., Buck, I., Garland, M., & Skadron, K. (2008). Scalable Parallel Programming with CUDA. ACM Queue, 6(2).10.1145/1365490.1365500
    Search in Google Scholar
  14. 14. Grama, A., Gupta, A., Karypis, G., & Kumar, V. (2003). Introduction to Parallel Computing. Adison-Wesley.
    Search in Google Scholar
  15. 15. Pałka, M., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). A novel method based solely on FPGA units enabling measurement of time and charge of analog signals in Positron Emission Tomography. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(1), 41–45. DOI: 10.1515/bams-2013-0104. [arXiv:1311.6127].10.1515/bams-2013-0104
    Search in Google Scholar
  16. 16. Krzemień, W., Silarski, M., Stola, K., Trybek, D., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2013). J-PET analysis framework for the prototype TOF-PET detector. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 33–36.
    Search in Google Scholar
  17. 17. Krzemień, W., Gajos, A., Gruntowski, A., Stoła, K., Trybek, D., Bednarski, T., Bialas, P., Czerwiński, E., Kaminska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Kubicz, E., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zon, N. (2015). Analysis framework for the J-PET scanner. Acta Phys. Pol. A, 127(5), 1491–1494. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1491. [arXiv:1503.00465].10.12693/APhysPolA.127.1491
    Search in Google Scholar
  18. 18. Brun, R., & Rademakers, F. (1997). ROOT – An object oriented data analysis framework. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A-Accel. Spectrom. Dect. Assoc. Equip., 389, 81–86.10.1016/S0168-9002(97)00048-X
    Search in Google Scholar
  19. 19. PROOF Parallel ROOT Facility, from https://root.cern.ch/drupal/content/proof.
    Search in Google Scholar
  20. 20. Shepp, L. A., & Vardi, Y. (1982). Maximum likelihood reconstruction for emission tomography. IEEE Trans. Med. Imaging, MI-1(2), 113–122.10.1109/TMI.1982.430755818238264
    Search in Google Scholar
  21. 21. Białas, P., Kowal, J., Strzelecki, A., Bednarski, T., Czerwiński, E., Gajos, A., Kamińska, D., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Kubicz, E., Moskal, P., Niedźwiecki, Sz., Pałka, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Rundel, O., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2015). GPU accelerated image reconstruction in a two-strip J-PET tomograph. Acta Phys, Pol. A, 127(5), 1500–1504. DOI: 10.12693/APhysPolA.127.1500. [arXiv:1502.07478].10.12693/APhysPolA.127.1500
    Search in Google Scholar
  22. 22. Słomski, A., Rudy, Z., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Wiślicki, W., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). 3D PET image reconstruction based on the maximum likelihood estimation method (MLEM) algorithm. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 1–7.10.1515/bams-2013-0106
    Search in Google Scholar
  23. 23. CIS, Świerk Computing Centre. Retrieved August 01, 2015, from: http://www.cis.gov.pl/en/zasoby_obliczeniowe.
    Search in Google Scholar
  24. 24. Wiślicki, W., Bednarski, T., Białas, P., Czerwiński, E., Kapłon, Ł., Kochanowski, A., Korcyl, G., Kowal, J., Kowalski, P., Kozik, T., Krzemień, W., Molenda, M., Moskal, P., Niedźwiecki, S., Pałka, M., Pawlik, M., Raczyński, L., Rudy, Z., Salabura, P., Sharma, N. G., Silarski, M., Słomski, A., Smyrski, J., Strzelecki, A., Wieczorek, A., Zieliński, M., & Zoń, N. (2014). Computing support for advanced medical data analysis and imaging. Bio-Algorithms and Med-Systems, 10(2), 53–58.10.1515/bams-2014-0001
    Search in Google Scholar
DOI: https://doi.org/10.1515/nuka-2015-0134 | Journal eISSN: 1508-5791 | Journal ISSN: 0029-5922
Journal RSS Feed
Language: English
Page range: 745 - 748
Submitted on: Jul 6, 2015
Accepted on: Aug 25, 2015
Published on: Dec 1, 2015
Published by: Institute of Nuclear Chemistry and Technology
In partnership with: Paradigm Publishing Services
Publication frequency: 4 issues per year
Keywords:
data aquisition system (DAQ),
parallel computing,
TOF-PET
Related subjects:
Chemistry,
Nuclear chemistry,
Physics,
Astronomy and astrophysics,
Physics, other

© 2015 Wojciech Krzemień, Mateusz Bała, Tomasz Bednarski, Piotr Białas, Eryk Czerwiński, Aleksander Gajos, Marek Gorgol, Bożena Jasińska, Daria Kamińska, Łukasz Kapłon, Grzegorz Korcyl, Paweł Kowalski, Tomasz Kozik, Ewelina Kubicz, Szymon Niedźwiecki, Marek Pałka, Lech Raczyński, Zbigniew Rudy, Oleksandr Rundel, Neha Gupta Sharma, Michał Silarski, Artur Słomski, Karol Stola, Adam Strzelecki, Damian Trybek, Anna Wieczorek, Wojciech Wiślicki, Marcin Zieliński, Bożena Zgardzińska, Paweł Moskal, published by Institute of Nuclear Chemistry and Technology
This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 3.0 License.

Previous articleVolume 60 (2015): Issue 4 (December 2015)Next article